民航发展基金属于“政府性基金”，入上缴中央国库，专款专用。“政府性基金的前身，其实是政府的预算外收入。”人民大学公共管理学院教授黄燕芬告诉人民网记者，现行的政府性基金中包含的养路费、车辆购置附加费、港口建设费等费用，过去均属于预算外单列收费，“按道理这些公共事业支出应该全部由财政支付，但90年代财政相对困难，不能全额负担，于是以专项收费的方式来弥补。”机场建设费和民航基建费的这两项收费已经纳入预算管理。近十年来经济高速发展，国库相对充实，财政收入涨幅连年超预期，是否意味着这些专项收费已经可以回归历史？以民航为例，多数机场是由地方运营，但近年来地方支出远远超过收入，债台高筑，其基础建设资金可能仍然存在不小的缺口。“政府性基金是我国政府在改革中出现的一种阶段性现象，现在也是迫于无奈，各地基建项目资金缺口那么大，不得不通过收费来弥补。但随着公民社会逐渐建立，大家都有了很强烈的公民意识，站在公民的角度就会问，‘我应不应该交这个费用？’这种质疑是可以理解的。”“而且我既然交了这个费用，我就要求政府要公开——你花在哪些地方，账本能不能给大家看看？”
北京大学法学院教授王锡锌认为，对民航发展基金收取的质疑可以分解为两个问题：收费的依据足不足，合不合法？收上来之后如何管理、审计、公开？“第一个问题其实与基金这个名称无关，属于收费本身的问题。”王锡锌说，按目前惯例，这类事业性收费归口由财政部管理，因此民航发展基金征收办法由财政部制定是符合惯例的。但如果严格按《立法法》第八条的规定，“对非国有财产的征收”必须通过由全国人大及其常务委员会制定的法律来实现。这种“基金”的性质有待进一步研究。“这种收费和税收一样，都是有强制性的，你非交不可。但是税有税法来规制，那么这种收费是不是也应该由法律来规定？”
作为民航发展基金的前身，机场建设费的征收始于1992年，历经逐步合法化过程，但一直面临各类争议。近年因并入预算表，开始公布年度总收入，其总量之大也进一步引起了关注。据媒体报道，仅首都机场一家，去年上半年的机场建设费收入即占总收入的17.43%，如以纯利润计算占比则更高。旨在补贴亏损的事业收费，似乎幻化出了名为“利润”的另一张面孔，看起来让人难以接受。黄燕芬认为，这是由于机场承担了一部分公共事业职能，同时又是商业企业，身份模糊所致，应当厘清其中界限，“包括这部分基金，是不是干脆就以商业化方式来运作，如发行债券等，通过市场来融资？这些问题还需要进一步研究。”既然名为基金，要以基金形式运营这笔资金，就必须将其收支明细公开，使外界公众均可参与监督，以保证其“专款专用”的性质不折不扣地实现。
请查阅《办法》全文，其中第四条规定：“民航发展基金征收、使用、管理等应当接受财政、审计部门的监督检查。”具体到监督检查方面，则主要由财政部和各地财政部门“对民航发展基金征收、使用和管理情况进行监督检查，督促各航空企业及时足额上缴民航发展基金。”目前尚无条款涉及明细公开、公众监督等内容。
